Il faut rappeler que le bonsaï n'est pas une variété d'arbres miniatures. C'est une culture de l'arbre qui l'amène à avoir une forme et une taille bien particulière. Ce qui suit est une liste non exhaustive des espèces les plus utilisées dans cet art. Ces espèces acceptent plus facilement la miniaturisation et les techniques propres à cette culture. Mais sur le principe, il est possible de former un bonsaï à partir de n'importe quelles espèces.

On divise souvent les espèces de bonsaï en deux catégories. Les espèces dites d'intérieur et les autres dites d'extérieur. Toutefois la notion de bonsaï d'intérieur est purement commerciale. Il permet de vendre des arbres aux personnes vivants en appartement. Ce qui représente une grande partie des consommateurs. Le bonsaï d'intérieur n'existe pas. On regroupe, dans cette catégorie, les espèces tropicales et sub-tropicales demandant un climat plus chaux et humide que notre climat tempéré européen et ne supportant pas ou peu les températures négatives. C'est pour cela qu'ils se plaisent dans notre appartement durant les saisons froides. On préfèrera toutefois les faire hiverner en serre froid ou ils pourront se reposer durant l'hiver est ainsi nous remercier au printemps par une croissance plus importante.